La compañía Air Nostrum se constituye el 23 de mayo de 1994. Durante los meses que siguieron a aquella fecha, un equipo compuesto inicialmente por tan sólo seis personas, y que fue creciendo hasta un centenar, puso en marcha el primer proyecto de aviación regional privado de España.
El 15 de diciembre de 1994, el primer Fokker 50 de la compañía inició la operación regular de Air Nostrum, con el vuelo YW 251 de Valencia a Bilbao, que transportaba 16 pasajeros.
Esta primera fase de lanzamiento de la compañía incluía la incorporación de hasta tres aviones en enero de 1995.
Durante el verano de 1995, se completó la segunda fase, con cuatro nuevos aparatos. Air Nostrum estuvo operando hasta finales de 1996 con siete aviones, e inició su tercera fase de expansión añadiendo otros 10 Fokker 50, así como los primeros ATR 72-500 para ofrecer mejor servicio en las líneas que presentaban mayor ocupación.
En mayo de 1997, Air Nostrum firma un acuerdo de franquicia con Iberia por el cual todos sus vuelos comienzan a comercializarse bajo la marca "Iberia Regional Air Nostrum".
En 1998, la compañía incorporó el reactor CRJ 200ER de 50 plazas, para operar rutas largas y especialmente rutas internacionales.
En el año 2000 Air Nostrum firma un acuerdo para la renovación total de su flota de aviones con una inversión de más de 800 millones de euros y 44 aeronaves. Se convierte en la compañía regional con la flota más moderna de Europa.
En febrero de 2001 despegó la primera unidad del turbohélice Dash8-Q300 de 50 plazas y que estaba destinado a sustituir al modelo Fokker 50.
En diciembre de 2005, Air Nostrum recibe su primer reactor de 90 plazas, el CRJ 900, y en diciembre de 2010 recibe su primer reactor de 100 plazas, el CRJ 1000. Entre 2010 y 2012 se incorporaron 15 aviones nuevos a su flota: 10 CRJ 1000 y 5 ATR 72-600 (72 plazas), con el objetivo de reducir el coste por asiento ante la disminución del número de pasajeros y el descenso del ingreso medio motivado por la crisis económica.
Entre 2009 y 2013 Air Nostrum implementó un contundente plan de ajuste con el objetivo de mejorar su competitividad, reducir el exceso de capacidad y potenciar la conectividad con el Grupo Iberia en el aeropuerto Adolfo Suárez Madrid-Barajas.
En mayo de 2014 finalizó el proceso de ampliación de capital de la compañía, con la entrada de nuevos inversores en el accionariado de Air Nostrum.
Actualmente Air Nostrum está focalizada en su core business:
· Conexiones domesticas en Madrid.
· Conexiones internacionales en Madrid.
· Mercados nicho y rutas en Obligaciones de Servicio Público